Мұхаммед Бақи Биллаһ хазреттері Силсилә-и алийаның жиырма екіншісі. Имам Раббани хазреттерінің ұстазы. 1563 жылы Қабулда туылды. Қабулдан Самарқандқа барып, заманының ең үлкен ғалымдарынан болған Мәулана Садық Хулваниден қажетті ілімдерді үйренді. Үстем табиғаты және қабілетімен қысқа уақытта шәкірттер арасында ең жоғары дәрежеге жетті. Кейін тасаууфқа бет бұрып, бұл жолдың үлкен ғалымдарынан батыни ілімдерін үйреніп, жоғары мәртебеге жетті. Хажаги Имкәнәги хазреттерінің сұхбаттары, Бахауддин Бұхари және ізбасарларының рухтарының жәрдемімен осы әулиелер шежіресіне қосылды.

Мұхаммед Бақи Биллаһ хазреттері ұстазының бұйрығымен Үндістанға барып, бір жыл Лахорда тұрды. Сол жердегі ғалымдар оның сұхбатына қатысып, пайдасын көрді. Кейін Делиге барып, қайтыс болғанға дейін сол жерде қалып, адамдарға дұрыс жолды үйретті. Екі-үш жылдай қысқа бір мерзімде өте көп ғалым және әулие жетілдірді. Ол жетілдірген әулиелердің басында өзінің орынбасары болған екінші мыңжылдықтың мүжәддиді (жаңартушысы), Ислам ғалымдарының көз қарашығы Имам Раббани тұрады. Имам Раббани хазреттері кәміл жетілгеннен кейін Мұхаммед Бақи Биллаһ хазреттері бүкіл шәкірттерін жетілдіру міндетін оған тапсырды.

Әмри маруф пен нәхи мүнкәр жасаған кезде қаталдық және дөрекілік көрсетпейтін еді. Біреу дінге қайшы болған бір іс жасаса немесе сөз сөйлесе, жұмсақтықпен, ишарамен, ымдап тоқтататын, ренжіткісі келмейтін еді. Әмри маруф жасағанда өзін басқа адамдардан ажыратпау және үстем санамау үшін көп күш жұмсайтын еді. Сұхбаттарында ешбір мұсылманды жамандамайтын. Егер біреудің ойына бір мұсылман жайында жаман бір пікір келетін болса, дереу сол жаман ойланған адамды мақтайтын сөздер айтып сөйлей бастайтын еді.

Ханы Ханан есімімен танымал болған патша Абдуррахман хан оны жақсы көретін еді. Бақи Биллаһ хазреттерінің қажылыққа баратынын естіп, жол қаржысы ретінде көп мөлшерде ақша жіберді. «Бұл сыйлығымды қабыл етіңіз, мырзам» деді. Ол болса «Мұсылмандардың ақшасын жұмсап, қажылыққа баруымыз дұрыс болмас» деп қабылдамады да, қажылыққа бармады.

Тамақ пісірушінің дәретті болуын, тамақ пісіріп жатқанда дүниелік сөздер айтпауды ескертетін еді. «Салих болмаған адамның тамақтары фәйздің келуіне тосқауыл болады» дейтін. Бір әулие келіп, «Халімде бір түйін, жүрегімде бір қиыншылық сеземін, бірақ кінәмнің не екенін біле алмай жатырмын» деді. Қожа хазреттері «Тамағыңда ықтиятсыздық орын алған» деді. «Күнде бірдей тамақтар жеймін» дегенінде «Жақсылап ойлан» деп жауаптады. Ол жақсылап ойланғаннан кейін «Иә, ұстазым, қазір есіме түсті, тамақ пісірген кезде халал екені күмәнді екі-үш отын жағылған еді» деді.

Бір күні Қожа Хусамеддиннің хабарлауымен мемлекет қызметкерлері ішкілік ішетін және басқа да жамандықтар істейтін бір жас жігітті ұстап алып, қамап қойды. Қожа хазреттері мұны естігенде Қожа Хусамеддинді жазғырды. Ол: «Өте жаман жігіт» дегенінде ренжіп, күрсініп, оған айтты: «Сен өзіңді жақсы деп санағаның үшін ол саған жаман көрінуде. Ал біз өзімізді одан өзгеше санамаймыз. Қалайша оны жамандаймыз?»

Кейін әлгі жігітті қамаудан шығарды. Ол жігіт көршісі Қожа хазреттерінің жақыннан сұрастырғанына қатты қуанып, күнәларына тәубе етіп, салихтардан болды.